La plus grande étude sur le microbiome pèse sur notre santé intestinale
Les premiers résultats de la plus grande étude à avoir jamais étudié le microbiome humain sont connus. Ils ont des implications importantes pour nos pratiques alimentaires, notre résistance aux antibiotiques et notre santé mentale.
En 2012, Rob Knight, Ph.D., de l'Université de Californie (UC), San Diego, Jeff Leach, Ph.D., le fondateur du Human Food Project, et Jack Gilbert, Ph.D., qui est le directeur de la faculté du Microbiome Center de l'Université de Chicago dans l'Illinois a décidé de fonder l'American Gut Project.
Le but du projet était d'en savoir plus sur le microbiome humain - c'est-à-dire la collection de gènes qui codent tous nos microbes.
Plus précisément, les chercheurs voulaient savoir combien de types de bactéries vivent dans notre corps et où, et comment notre alimentation et notre mode de vie affectent la composition de ces microbes.
À cette fin, ils ont utilisé la soi-disant science citoyenne - la pratique dans laquelle le public contribue à la recherche en offrant son temps et ses données personnelles à l'analyse.
Les premiers résultats du projet sont maintenant disponibles, et ils offrent des indices sur ce qui maintient nos tripes saines et bactériennes. Les résultats ont été publiés dans la revue mSystèmes.
Des scientifiques citoyens participent à l'étude du microbiome
Dans le cadre du projet, les participants ont payé 99 $ pour un kit de collecte d'échantillons de bactéries fécales, orales et cutanées.
Ils ont également dû répondre à une enquête sur leur état de santé général et les maladies qu'ils auraient pu avoir, leur mode de vie et leurs habitudes alimentaires.
En 2015, le projet a compté 15096 échantillons fournis par 11336 personnes aux États-Unis, au Royaume-Uni, en Australie et dans 42 autres pays.
Les chercheurs ont ensuite utilisé le séquençage génomique pour analyser un marqueur génétique appelé ARNr 16S, une molécule unique aux bactéries.
Ils ont également étudié l'ensemble des métabolites dans les échantillons, afin d'analyser d'autres molécules et composés chimiques qui pourraient être présents.
Enfin, les scientifiques ont utilisé une méthode appelée métagénomique des fusils de chasse - qui est une méthode innovante et puissante de séquençage de l'ADN - pour analyser de manière exhaustive les données génétiques.
L'importance d'une alimentation diversifiée à base de plantes
Premièrement, les résultats suggèrent qu'un régime alimentaire à base de plantes plus diversifié donne un intestin plus diversifié sur le plan bactérien.
Plus précisément, ceux qui consommaient plus de 30 types de plantes différents chaque semaine avaient des microbiomes beaucoup plus diversifiés que ceux qui ne consommaient que 10 types de plantes ou moins par semaine.
Cependant, les chercheurs notent que ces résultats ne signifient pas nécessairement qu’augmenter la diversité microbienne est une chose positive pour la santé d’une personne.
Deuxièmement, les participants qui ont déclaré manger plus de 30 types de plantes par semaine semblaient avoir une résistance moindre aux antibiotiques.
Les chercheurs ont trouvé moins de gènes indiquant une résistance aux antibiotiques dans les échantillons fécaux de ces personnes - c'est-à-dire moins de gènes qui aident les bactéries à échapper aux médicaments.
Bien que l'étude soit purement observationnelle et ne puisse rien conclure sur la causalité, les auteurs supposent que les personnes dont le régime contient moins de plantes pourraient compenser en mangeant de la viande - qui peut avoir été traitée avec des antibiotiques - ou des aliments transformés auxquels des antibiotiques ont été ajoutés. .
Bactéries intestinales et santé mentale
Enfin, l’étude a révélé des liens intéressants entre la composition des bactéries intestinales et la maladie mentale.
Ceux qui ont déclaré vivre avec le trouble de stress post-traumatique (ESPT), la schizophrénie, la dépression ou le trouble bipolaire ont été comparés à des témoins en bonne santé qui avaient été appariés pour l'âge, le sexe et l'indice de masse corporelle (IMC).
Les résultats ont démontré que les personnes qui ont signalé des problèmes de santé mentale avaient plus de bactéries en commun avec d'autres personnes qui ont signalé des problèmes similaires qu'avec les témoins.
Cette association était forte quel que soit le sexe, l'âge ou la situation géographique. En outre, la recherche suggère que certains types de bactéries peuvent être plus répandus chez les personnes atteintes de dépression.
Ces résultats renforcent le lien établi entre la santé mentale et les bactéries intestinales par des recherches antérieures.
Par exemple, une étude récente a mis en évidence un lien entre l'anxiété et l'absence de certains microbes intestinaux sains. Un autre a découvert que certaines bactéries sont altérées chez les personnes atteintes de SSPT.
Vers un «GPS du microbiome»
Daniel McDonald, Ph.D., directeur scientifique de l'American Gut Project à l'UC San Diego School of Medicine, évalue l'importance des résultats. Il dit:
«Nous avons observé une diversité microbienne beaucoup plus grande que les études précédentes plus petites, et cela suggère que si nous regardons plus de populations, nous verrons plus de diversité, ce qui est important pour définir les limites du microbiome humain.»
Knight partage un sentiment similaire, disant: «Le microbiome humain est complexe, mais plus nous recevons d'échantillons, plus vite nous serons en mesure de démêler les nombreuses façons dont le microbiome est associé à divers états de santé et de maladie.»
«L'American Gut Project est dynamique, avec des échantillons provenant du monde entier quotidiennement», ajoute Knight.
«L'analyse présentée dans cet article représente un seul instantané, mais nous voulons à terme aller au-delà de la création de cartes du microbiome pour créer un GPS du microbiome qui vous indique non seulement où vous vous trouvez sur cette carte, mais aussi où vous voulez aller et quoi faire. faire pour y arriver en termes de régime alimentaire, de style de vie ou de médicaments. »
Rob Knight, Ph.D.
