Des chercheurs découvrent près de 2000 nouvelles bactéries intestinales
Selon de nombreuses études récentes, les populations bactériennes intestinales humaines sont capables d'influencer divers aspects de notre santé physique et mentale. Malgré cela, de nombreuses bactéries restent «non cartographiées» par les scientifiques. Une nouvelle étude a maintenant découvert environ 2000 bactéries intestinales auparavant inconnues.
Des études récentes couvertes par Actualités médicales aujourd'hui ont montré que le microbiote intestinal pouvait jouer un rôle dans la maladie de Parkinson et la démence, et ils peuvent expliquer pourquoi les médicaments contre le diabète de type 2 fonctionnent bien pour certains mais pas pour d’autres.
Nouvelle recherche - parue hier dans le journal La nature - a maintenant identifié près de 2000 nouvelles espèces bactériennes intestinales que les scientifiques n'avaient jamais cultivées en laboratoire auparavant.
L'équipe de chercheurs, de l'Institut européen de bioinformatique (EMBL-EBI) et du Wellcome Sanger Institute, tous deux à Hinxton, au Royaume-Uni, a utilisé une analyse informatique pour évaluer des échantillons de microbiome intestinal provenant de participants du monde entier.
«Les méthodes informatiques nous permettent de comprendre les bactéries que nous ne pouvons pas encore cultiver en laboratoire», explique l'auteur de l'étude Rob Finn, de l'EMBL-EMI.
«Utiliser la métagénomique [l'analyse du matériel génétique] pour reconstruire des génomes bactériens, c'est un peu comme reconstruire des centaines d'énigmes après avoir mélangé toutes les pièces ensemble, sans savoir à quoi l'image finale est censée ressembler, et après avoir complètement enlevé quelques morceaux du mélanger juste pour rendre les choses encore plus difficiles », poursuit-il.
Cependant, Finn ajoute: «Les chercheurs sont maintenant à un stade où ils peuvent utiliser une gamme d'outils informatiques pour compléter et parfois guider le travail de laboratoire, afin de découvrir de nouvelles perspectives sur l'intestin humain.»
Une nouvelle approche
L'équipe a pu reconstruire 92 143 génomes à partir d'échantillons de 11 850 microbiotes intestinaux divers.
Cela a permis aux chercheurs d'identifier 1 952 espèces de bactéries intestinales dont eux et d'autres n'avaient pas connaissance jusqu'à présent.
Finn et ses collègues expliquent que de nombreuses espèces bactériennes ont «maintenu un profil bas», pour ainsi dire, parce que les scientifiques ne les ont trouvées qu'en très petit nombre dans l'intestin, ou elles ne peuvent pas survivre en dehors de l'environnement intestinal.
Cela, notent-ils, a jusqu'à présent empêché les scientifiques d'ajouter de telles espèces à leur liste de bactéries intestinales qu'ils connaissent. Cette raison est également la raison pour laquelle l'équipe qui a mené l'étude actuelle a décidé d'emprunter une nouvelle voie - et d'utiliser une combinaison de méthodes de calcul pour essayer de proposer une «carte» plus complète du microbiote humain.
«Les méthodes informatiques nous permettent d'avoir une idée des nombreuses espèces bactériennes qui vivent dans l'intestin humain, comment elles ont évolué et quels types de rôles elles peuvent jouer au sein de leur communauté microbienne», explique le co-auteur de l'étude, Alexandre Almeida.
Vers la création d’un «plan solide»
«Dans cette étude», explique Almeida, «nous avons exploité les bases de données publiques les plus complètes de bactéries gastro-intestinales pour identifier des espèces bactériennes qui n'avaient jamais été vues auparavant. Les méthodes d'analyse que nous avons utilisées sont hautement reproductibles et peuvent être appliquées à des ensembles de données plus vastes et plus diversifiés à l'avenir, ce qui permettra de nouvelles découvertes. »
À l'avenir, les chercheurs espèrent que cette étude et des études similaires les aideront à mieux comprendre l'intestin humain, ce qui, à son tour, contribuera à développer de meilleurs traitements pour une variété de conditions.
«Une recherche comme celle-ci nous aide à créer un soi-disant modèle d'intestin humain, qui, à l'avenir, pourrait nous aider à mieux comprendre la santé humaine et la maladie et pourrait même guider le diagnostic et le traitement des maladies gastro-intestinales.»
Co-auteur de l'étude Trevor Lawley, du Wellcome Sanger Institute
Dans le même temps, l'équipe note que la présente étude a rendu les chercheurs plus conscients d'une grande lacune dans la recherche autour des bactéries intestinales.
Les scientifiques en savent actuellement relativement peu sur les espèces bactériennes caractéristiques des populations autres que celles qui vivent en Europe et en Amérique du Nord, soulignent les chercheurs.
«Nous voyons beaucoup des mêmes espèces bactériennes apparaître dans les données des populations européennes et nord-américaines. Cependant, les quelques ensembles de données sud-américains et africains auxquels nous avons eu accès pour cette étude ont révélé une diversité significative non présente dans les anciennes populations », note Finn.
«Cela suggère que la collecte de données auprès de populations sous-représentées est essentielle si nous voulons obtenir une image vraiment complète de la composition de l'intestin humain», ajoute-t-il, exhortant les chercheurs à continuer de se concentrer sur des cohortes plus diversifiées à l'avenir.
